Il primo documento che parla della Chiesa di San Pietro risale al 1259, dal quale si evince che il
prete Rettore della stessa era un certo Jacobus. Questa chiesa era con ogni probabilità
dipendente da Santa Maria o da Santa Croce di Mortara.
Nei registri delle rationes decimarum del 1322-1323 redatti per la diocesi pavese, è annoverata la chiesa di San Pietro di Parona; non citata negli atti della visita pastorale compiuta nel 1460 dal vescovo di Pavia monsignor de Fossulanis.
Nel 1588, per volere della ricca famiglia De Marchi Tornielli, proprietaria del feudo paronese, al posto della primitiva chiesetta ne venne costruita una più ampia ed adeguata alle esigenze della popolazione. La consacrazione di questa chiesa avvenne nel 1598.
Più tardi l'edificio venne ampliato, fu costruito con la facciata verso ponente e con una sola navata; il soffitto aveva un tavolato con buone decorazioni, ed il campanile tre campane; nell'interno, alla sua estremità occidentale, due confessionali di pioppo e due vasi con piedistallo di marmo contenenti l'acqua benedetta.
Nel 1802 una forte scossa di terremoto, eccezionale per la nostra zona, provocò il crollo di una parte dell'edificio; gli interventi di restauro alle vecchie strutture si rivelarono insufficienti, tant'è che, nel 1821, si verificò il crollo della copertura, che fortunatamente non causò nessuna vittima. Dopo questo fatto si decise di ricostruire la chiesa.
Per finanziare questa impresa colossale, i paronesi decisero di imporsi una
tassa: infatti, tutti gli abitanti di età superiore ai sette anni si impegnarono a
versare una lira all'anno fino alla completa estinzione del debito verso i costruttori. Non
solo, ma contibuirono alla costruzione della Chiesa con un imponente passamano di centinaia di
migliaia di mattoni, dalla fornace dove venivano prodotti fino al cantiere di costruzione.
Con la bolla 17 agosto 1817 di Pio VII "Beati Petri apostoli principis" e con il breve 26 settembre 1817 "Cum per nostras litteras", sempre di Pio VII, venne aggregata alla diocesi di Vigevano; la parrocchia aveva il titolo di prepositura, rimase inserita nel vicariato di Mortara.
Per circa dieci anni le funzioni religiose si tennero nella vicina chiesa di San Siro. Nel frattempo venne convocato l'ingegnere provinciale Mercalli, che diede inizio alla progettazione della nuova chiesa. La prima pietra venne posata il 19 luglio 1826 e l'edificio ultimato nel 1832.
Dagli atti della visita pastorale del 1845 del vescovo di Vigevano monsignor Vincenzo Forzani, si desume che la popolazione della parrocchia di San Pietro apostolo, di patronato dei baroni Tornielli di Parona, era composta da 327 famiglie per un totale di 1.746 persone. I redditi della parrocchia assommavano a 98 lire milanesi date dal comune per le spese, più la metà dell'affitto della pesa pubblica; il reddito del beneficio parrocchiale era composto da 700 lire piemontesi nette, a cui si aggiungevano circa 35 lire milanesi derivanti da livelli. Nel territorio parrocchiale esisteva l'oratorio di San Siro vescovo, presso il quale era istituita la confraternita del Santissimo Sacramento
Al termine della costruzione della Chiesa iniziò l'arredamento interno, sia con tele, sia con affreschi, sia con i banchi ed i confessionali in legno di noce, che sono rimasti in chiesa fino al 1975.
La prima opera d'arte esposta fu un dipinto della scuola del Lanino, nonché opere di Lorenzo Toma e decorazioni di artisti vigevanesi; vennero costruiti quattro altari dedicati alla Madonna del Rosario, a Sant'Antonio da Padova, al Cristo morto e a San Giorgio martire.
Poi si passò alla costruzione delle varie artistiche balaustre e all'installazione
dell'organo a canne (immagine a lato), opera dell'organaro novarese Alessandro Mentasti, ultimato nel
1893. L'organo è posto al lato destro dell'altare su di una balconata lignea. Lo strumento
è collocato quasi interamente in un vano murario della navata. La tastiera possiede 58 tasti e
la pedaliera comprende 27 pedali.
La cerimonia di consacrazione della chiesa, dedicata a San Pietro apostolo, avvenne il 14 ottobre dell'anno 1900, come risulta da una lapide posta sul fondo della chiesa.
Nel 1971 la parrocchia di Parona venne assegnata alla zona pastorale nord ovest, con decreto 6 gennaio 1971 del vescovo di Vigevano monsignor Luigi Barbero; dal 1972 passò al vicariato di Mortara, con decreto 1 gennaio 1972 del vescovo di Vigevano monsignor Mario Rossi.